Parce qu’il exerce une activité économique indépendante à titre onéreux, le professionnel de santé est un assujetti à la TVA. Cependant, il n’en est pas pour autant automatiquement redevable. Ses actes thérapeutiques sont exonérés, ses activités non thérapeutiques sont taxées selon le droit commun de la TVA.
Sa qualité d’assujetti (même exonéré pour la totalité de ses actes) entraîne l’obligation, pour le professionnel de santé, d’utiliser une plateforme agréée pour recevoir les factures électroniques dès le 1er septembre 2026. L’obligation d’émettre des factures électroniques ne le concerne que s’il réalise des opérations taxées et sera effective qu’à compter du 1er septembre 2027.
Créée au milieu du 20ème siècle, la TVA fonctionne de la façon suivante :
- Les opérations d’un assujetti entrent dans le champ d’application de la TVA,
- Le redevable (en général le vendeur) collecte la TVA pour l’État ; pour certaines opérations il peut être exonéré (c’est le cas des actes thérapeutiques),
- Le redevable, ayant collecté de la TVA pour son activité, ne reverse à l’État que la différence entre la TVA qu’il a collectée et celle ayant grevé les achats liés à cette activité. Sans collecte de la TVA, il n’y a pas de droit à déduction.
Des opérations soumises à la TVA
Sont soumises à la TVA toutes les livraisons de biens, les prestations de services, les opérations assimilées réalisées à titre onéreux par un assujetti dans le cadre de ses activités économiques.
L’opération onéreuse est définie comme le lien entre un fournisseur et un destinataire qui remplit les conditions cumulatives suivantes :
- Le fournisseur procure un avantage individualisable au destinataire,
- Le fournisseur en retour obtient une contrevaleur appréciable en argent, soit du destinataire soit d’un tiers,
- Il existe un lien direct entre l’avantage procuré et la contrevaleur prévue.
L’activité économique désigne tous les actesaccomplis par une entité déterminée, indépendamment de leur lieu, finalité ou résultat, ayant pour objet de générer des recettes permanentes en lien direct avec ces actes.
Constituent notamment une activité économique : les activités de production, de commerce, de prestation de services, les activités extractives, agricoles et libérales, ainsi que toute exploitation d’un bien corporel ou incorporel à fins lucratives et durables.
L’assujetti s’entend de l’entité qui exerce une ou plusieurs activités économiques de manière indépendante, dans la mesure où cette entité agit dans le cadre de cette activité ou de ces activités.
Le redevable est celui qui reverse à l’État la TVA qu’il a préalablement collectée avec son chiffre d’affaires.
Le professionnel de santé est bien un assujetti mais :
- S’il ne réalise que des opérations exonérées il est alors un non redevable et en conséquence ne peut pas déduire la TVA ayant grevé ses achats,
- S’il réalise à la fois des opérations exonérées et des opérations taxées, il est alors un redevable partiel.
Ainsi, il est possible d’être un assujetti mais non redevable parce que la totalité des opérations est exonérée.
Des opérations exonérées spécifiquement en raison de leur finalité thérapeutique
Le législateur limite strictement le bénéfice de l’exonération :
-
- Aux actes ayant une finalité thérapeutique (ou y étant intrinsèquement liés, comme le transport sanitaire),
- À un nombre limité d’acteurs de la santé publique.
Les exonérations propres aux professions de santé étaient codifiées au 4 de l’article 261 du CGI ; les exonérations concernant la santé sont codifiées aux articles L.213-95 à L. 213-101 du CIBS à compter du 1er septembre 2026.
De la position du législateur sur ces dispositifs
Un professionnel de santé qui réalise des opérations sans finalité thérapeutique entre dans le champ d’application de la TVA. Il peut toutefois bénéficier du régime de l’entité franchisée (ex-franchise en base) s’il respecte :
- Les conditions de fond : le chiffre d’affaires tiré de ses activités taxables ne doit pas dépasser 37 500 € par an pour les prestations de services (seuil applicable à un médecin expert, médecin-conseil ou praticien exerçant des actes sans finalité thérapeutique). En deçà de ce seuil, la TVA n’est ni collectée ni déduite. Au-delà, le professionnel devient pleinement redevable et doit déclarer et reverser la TVA collectée,
- Les conditions de forme : inscription préalable auprès du Service des Impôts des Entreprises (SIE) et mention obligatoire sur les factures émises : « TVA non applicable - Art. L. 223-3 et suivants du CIBS ».
En cas d’autoliquidation (importations notamment), le professionnel de santé exonéré devra collecter de la TVA (du même montant que celui qu’aurait dû collecter son fournisseur français) sans pouvoir la déduire.*
Ainsi la doctrine de l’administration (BOI-TVA-CHAMP-30-10-20-10) précise certains cas de taxation à la TVA :
Des conséquences en matière de passage à la facturation électronique
En matière de facturation électronique, le législateur a institué des obligations en deux parties :
- Obligations d’émission à compter du 1er septembre 2026 pour les grandes entreprises et ETI et à compter du 1er septembre 2027 pour les autres assujettis,
- Obligations de réception des factures qui s’imposent à tous les assujettis dès le 1er septembre 2026.
Schéma du périmètre de la facturation électronique
Schéma fonctionnel du E-invoicing pour un professionnel de santé n’effectuant que des opérations exonérées
Schéma fonctionnel du E-reporting
Pour ses actes taxables à la TVA, s’il n’a pas opté pour les débits, le professionnel de santé doit transmettre ses données de paiement (et ses données de transaction) à la DGFiP sous la forme d’un E-reporting dont la fréquence est présentée dans le tableau ci-dessous.
